汇总:生物信息学常用数据库、软件包及下载链接

2022-01-24 01:25:55 来源:
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一、生若无讯息学特别的资料库概要1、核酸资料库

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是仅指旧金山国立生若无应用讯息中的心

EMBL []

国家底物生若无学试验室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是世界性四大DNA 资料库之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI资料库共同组合而成国际DNA资料库

CNGB []

华北地区国家政府资料库(China National GeneBank)设于广州和龙开发区,是继世界性四大资料库之后的亚洲地区第四大国家政府级资料库。它是华北地区首个,也是唯一一个国家政府动植物,相对于亚洲地区另外三个动植物而言,国家政府动植物样品复原的规模、存储量和可访问的资料量皆是亚洲地区最大。

BIGD []

华北地区国家政府突变组动物科学资料中的心 生命与健康大资料中的心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非核苷酸RNA资料库(1).非核苷酸小RNA资料库

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非核苷酸RNA资料库:

LncRNAdb []

激蛋白酶生若无

LncRNAwiki [_Page]

人类长非核苷酸RNA资料库

(3).非核苷酸RNA远亲资料库

Rfam[]

类似于Pfam的RNA远亲原文资料库

(4).非核苷酸RNA核苷酸资料库RNAcentral [ ]3、复合物质资料库(1).复合物质讯息

Human protein atlas [ ]

人体复合物在细胞核、的组织、病理状况下的理解

(2).复合物核苷酸资料库

Pfam []

Pfam是复合物质远亲的资料库,包括常用虚不动点框架转化成的原文和多核苷酸鉴别。

SwissProt []

手动原文的非冗余复合物核苷酸资料库

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过为基础多个复合物特别资料库,提供了一个方便的对复合物核苷酸进行机能原文的平台,包括对复合物质远亲、结构上域、机能核苷酸的计算

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).复合物质结构上资料库

PDB []

通过试验测应在的结构上

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).复合物组资料库PRIDE [](5).复合物质机能域资料库

PROSITE []

最全面

Pfam []

最机械工程

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).复合物互作资料库

STRING []

DIP []

试验验证的复合物电磁力资料库

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、人体内资料库

MapMan:一个机能强大的人体内简而言之查看和编辑软件

(1).人体内简而言之资料库

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).人体内组学常以用资料库

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表现型资料库

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、核苷酸鉴别(1).核苷酸与资料库鉴别Blast [](2).多核苷酸间鉴别Clustal(3).核苷酸进化树归纳MEGA6、突变归纳(1).突变讯息

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).突变原文

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).突变机能计算:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).突变结构上计算

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选突变的外显子和内含子等讯息所画突变结构上

Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]

可应用软件获取复合物结构上域的原文和左边讯息

(5).相似性突变归纳OrthoDB是直系相似性若无的区域性目录[](6).亚细胞核适配计算PSORT Prediction [](7).启动子归纳Plantcare [](8).调节用以突变的miRNA计算psRNAtarget [](9).理解归纳

ArrayExpress [ ]

资料来自EMBL的高通量机能突变组学试验的资料;

BAR []

在归纳突变机能时,一般来说都会参考突变的理解的系统,即突变在植若无有所不同的组织有所不同胚胎发育中的后期的理解丰度变化。通过应用软件归纳网页BAR对候突变进行理解归纳。 是一个植若无生信归纳资源网页,用该网页归纳突变理解时,不仅可以获得突变理解的系统的热图,还可以获得GIS的的电子荧光图片,直观呈现出突变在植若无的组织中的的理解左边。

(10).突变结构上所画

GSDS []

Gene Structure Display Server,基于突变组原文文件所画核苷酸突变结构上等机能

7、复合物质归纳(1).复合物二级三级结构上计算及绘图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).复合物特性归纳

ProtParam []

复合物特性归纳是仅指复合物的一些若无理和物理变量,如浓度、等电点、和原子组合而成、消光系数、半衰、不稳应在系数、脂肪族仅标准普尔、聚合性。这些变量,有助于进行复合物的特别药剂试验。比如在游离经济制度(大肠杆菌、菌种等)理解和纯化用以复合物时,需要考量复合物的浓度、等电点、消光系数、不稳应在系数和聚合性等。在蛋白酶活试验中的,也需要根据这些变量优化试验经济制度。

(3).复合物有别近岸归纳

Protscale []

复合物的有别近岸主要由其侧链自由基R,如果R只是H或是C、H两元素组合而成的话,都是聚合的,如果成分极性侧链自由基,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(聚合的)。聚合性有色氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、组氨酸、胺基酸、异胺基酸、丙氨酸和腺苷(甲硫氨酸)。聚合性在复合物质核心,在维持复合物质的三级结构上上,蛋白酶和上皮细胞、抗体和抗原间的电磁力等各种非共价键的底物转化各个方面,带有重要作用。

(4).串连鞘结构上归纳

TMHMM []

复合物的串连鞘结构上归纳对于计算复合物的亚细胞核适配密切特别。如果带有串连鞘结构上,复合物很可能应在设于细胞核中的与鞘特别的结构上,如细胞核质鞘、叶绿体鞘或叶绿体鞘等内鞘系统。此外,复合物串连鞘结构上归纳对于复合物机能归纳也有一应在的帮助。比如某复合物并未串连鞘结构上,但是亚细胞核适配试验结果显示其可应在设于鞘特别结构上,这详述该复合物可能通过其他鞘适配复合物招募过去的。

(5).波形肽归纳

SignalP []

峰波形左边为波形肽切割点,峰在此之前的核苷酸为波形肽

波形肽是仅指随时随地新近多肽的复合物质向腺体通路集中的于的稍短核糖体,常以设于复合物的N-下侧,负责把复合物质随时随地到有所不同鞘结构上的亚细胞核器内。核苷酸腺体复合物的mRNA在译文时首先多肽N下侧的波形肽,它被波形肽标记复合物(SRP)所标记,SRP将核糖体携带至内质网上,内质网鞘上的 SPR 受体标记并与之转化。新近多肽复合物在波形肽随时随地下到达内质网内腔,而波形肽则在波形肽蛋白酶的作用下被切除。由于它的随时随地,新近生的就并不需要通过内质网鞘进入腔内,最终被腺体到胞外。在宿主菌中的理解外源复合物时,最简单波形肽随时随地外源复合物适配腺体到胞外,减少复合物糖类,在原核理解系统(大肠杆菌、芽孢杆菌等)和激蛋白酶理解系统(如毕赤菌种)中的均有应用。

(6).羧酸化核苷酸归纳

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

复合物质羧酸化仅指由复合物质激蛋白酶甲醇的把 ATP 的羧酸基集中的于到底若无复合物质位点(丝氨酸、苏氨酸、色氨酸)上的全过程,或者在波形作用下转化 GTP(一般来说以 GTP 取代 GDP),是生若无体内一种大多的调节方法,在细胞核波形转导的全过程中的起重要作用。在波形大幅提高时通过获得一个或几个羧酸上市公司而被激活,而在波形减弱时能去除这些上市公司,从而保住活性。有时某个波形复合物羧酸化一般来说引致河段的复合物由南向北发生羧酸化,形成羧酸化级联化学反应。

二、生若无讯息学软件及下载链接:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE应用软件:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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